در سال 1309 در کربلا و در خانوادهاي روحاني دیده به جهان گشود. در هفت سالگي در مكتبهاي قديم مشغول به تحصيل شد و در همانجا دروس حوزوي را آغاز كرد. در 14سالگي رسماً وارد حوزة علميه شد و مقداري از دروس را تا شرح لمعه نزد پدر خود فراگرفت.
دورة سطح را در كربلا نزد استاداني چون سيّد حسن حاج آقامير، از شاگردان مرحوم آخوند خراساني گذراند و يك دوره اصول و خارج فقه را نيز نزد ايشان تلمذ كرد. سپس در سال 1370 قمري وارد حوزة علمية نجف اشرف شد و در محضر استادان بزرگ آن زمان آيات عظام خوبي، حكيم، شيخ حسين حلي، محمدباقر زنجاني و فاني اصفهاني حاضر شد و از محضر درس آيتالله خويي بيشترين بهره را در درس ايشان شركت ميكرد و قسمت اعظم كتاب عربي حكومت اسلامي امام به قلم ايشان تحرير شده است. در همين ايام كتاب ولايت فقيه خود را تأليف كرد. در سال ۱۳۵۱ به دستور حکومت بعثی عراق از آن کشور اخراج شد و به ایران آمد و در قم ساکن گردید. مدتي از درس آيات عظام اراكي و ميرزا هاشم آملي بهرهمند شد. ايشان از همان ابتداي تحصيل به تدريس نيز اهتمام داشت و دروس سطح را چندين دوره در سه حوزة كربلا، نجف و قم تدريس كرد و اكنون نيز نزديك به 25 سال است كه خارج فقه و اصول را در حوزة علمية قم تدريس ميكند.
آيتالله معرفت هنگامي كه در نجف اشرف بود، در خلال تحقيقاتش در زمينة علوم اسلامي متوجه مهجور بودن علوم قرآني در بين شيعه و ضرورت تحقيق گسترده در زمينة قرآن در حوزههاي شيعي شد. از حدود سي سال پيش تحقيقات خود را در اين حوزه آغاز و به موازات فقه و اصول شروع به تدوين كتاب «التمهيد في علوم القرآن» كرد. اين كتاب كه حاصل بيش از سي سال تحقيق و تأليف و تدريس ايشان در علوم قرآني است هماكنون در 6 مجلد به چاپ رسيده و مورد علمية قم و از منابع دورههاي كارشناسي ارشد و دكتراي دانشگاهها تعيين شده است. اين كتاب در سال 1369 به عنوان كتاب سال جمهوري اسلامي ايران انتخاب شد.
گرچه علوم قرآني از همان سال هاي نخست نزول قرآن كريم در ميان مسلمانان شكل گرفت ولي تا قرن هشتم قمري كتابي كه جامع فنون علوم قرآن باشد، تأليف نشده بود. اما از آن تاريخ به بعد كتابهاي زيادي در اين موضوع نگارش يافت. با اين حال بين شيعيان كتابي با چنين جامعيتي يافت نميشد. بنابر احساس اين نياز علمي آيتالله محمد هادي معرفت به تدوين كتاب مزبور در چهار جلد همت گماشت و سپس آن را تلخيص كرد.
از امتيازات اين كتاب علاوه بر جامعيت و فصاحت متن عربي آن، بحث در زمينة وحي، اسطورة سرتاپا دروغ غرانيق، اعجاز قرآن، ناسخ و منسوخ، محكم و متشابه و بحث دربارة متواتر نبودن قرائتهاي قرآن كريم است.
از ديگر تأليفات ايشان در زمينة علوم قرآني كه به چاپ رسيده و يا در دست چاپ است ميتوان به اين آثار اشاره كرد:
تلخيص التمهيد، ترجمه التّمهيد، صيانة القرآن من التحريف، التفسير و المفسرون، تاريخ قرآن، تفسير و مفسران، تنزيه النبياء، معارف قرآني، شبهات وردود و ...
همچنين استاد مجموعهاي از تفسير قرآن كريم تحت عنوان «التفسير الاثري الجامع» در دست تأليف دارد كه جلد نخست آن شامل مقدّمات و تفسير سوره حمد خواهد بود و تا 30 جلد نگارش آن ادامه مييابد. استاد در نظر دارد در آينده علاوه بر اين مجموعه، كل اثر را به شكل تلخيص شده و با ترجمة فارسي ارائه نمايد.
از ديگر آثاري كه در آينده از قلم ايشان خواهيم خواند، ترجمة فارسي كتاب شبهات وردود ايشان است. سرانجام وی تنها یک روز پس از برگزاری مراسم نکوداشتش در قم وفات کرد. پیکر او پس از اقامه نماز توسط آیتالله شبیری زنجانی در حرم حضرت معصومه به خاک سپرده شد. رهبر انقلاب اسلامی آیتالله خامنهای به مناسب فوت ایشان، پیام تسلیت صادر کرد.