در سال 1310 هجرى شمسى در خانواده اى متدين و ارادتمند به خاندان پيامبر، چشم به جهان گشود. جدش، مرحوم شيخ محمدعلى، حدود صد سال پيش از يزد به اصفهان هجرت كرد و در مدت زمان كوتاهى، در حوزه علميه اصفهان، به درجات علمى بالايى نائل آمد. مرحوم «آقانجفى» كه در آن دوره، رياست حوزه علميه اصفهان را بر عهده داشت، شيخ محمد على را مأمور بحث و مناظره با كشيشهاى ارامنه جلفاى اصفهان كرد كه شيخ محمدعلى توانست بر تمامى آنها فائق آيد و از آن پس، «شيخ يزدى» شهرت يافت. پدر آيت الله يزدى، مرحوم «شيخ على يزدى» نام داشت كه از شاگردان «شيخ عبدالكريم حائرى» و از روحانيون معروف اصفهان بود كه امامت جماعت يكى از مساجد اصفهان را برعهده داشت و به حل مشكلات مردم عالم پرور اصفهان مى پرداخت.
از ويژگيهاى او آشنايى با علوم غريبه بود. مادر آيت الله يزدى نيز زنى مؤمن از خانواده متدين و دوستدار اهل بيت (علیهم السلام) بود كه پدرش از مريدان «شيخ يزدى» به شمار مى آمد و ارادت او به «شيخ يزدى» در ازدواج پدر و مادر وى بى تأثير نبوده است.
آيت الله محمد يزدى تحصيلات خود را ابتدا در محضر پدر و با فراگيرى زبان فارسى آغاز كرد و پس از آن، عازم مكتب خانه شد؛ مكتب خانه هاى آن روزگار اغلب در مسجد بود و فاقد ميز و صندلى! پس از گذراندن دوره مكتب، براى گذراندن كلاس چهارم آن نظام آموزشى، به نخستين مدرسه اى كه در اصفهان به سبك جديد تأسيس شده بود و يكى از روحانيون كه با پدر او نيز سابقه دوستى داشت، آن را اداره مى كرد، رفت. شش كلاس آن نظام را در آن مدرسه گذرانيد.
تحصيلات حوزه را كه در آغاز نزد پدر آموخته بود، در مدرسه «كاسه گران» اصفهان ادامه داد و سپس به مدرسه «ملا عبدالله» رفت و به تحصيل شرح لمعه مشغول شد. پس از آن به مدرسه صدر آمد و به خواندن «قوانين» پرداخت و در اين ميان، از محضر عالمان بزرگ اصفهان نيز در زمينه هاى علمى و معنوى بهره مى برد. با تشريف فرمايى حضرت آيت الله بروجردى به قم، شور و بى قرارى زائدالوصفى وجود طلبه جوان را فرا گرفت و با اصرار فراوان به پدر، خواستار حضور و تحصيل در حوزه علميه قم شد. پدر، در ابتدا با اين سفر مخالف بود، ولى با واسطه قرار گرفتن يكى از علماى يزد، به سفر فرزند خود رضايت داد. در بدو ورود به قم، در مدرسه فيضيه مستقر شد. در آن زمان، آيت الله بروجردى، از برخى طلاب به سبب آشنايى با ميزان توانايى علمى آنان، امتحان به عمل مى آورد.
وى با شركت در دروس سطح، كتابهاى رسائل، مكاسب و كفايةالاصول را به خوبى فرا گرفت و در درس خارج علماى بزرگ حوزه، از جمله آيت الله بروجردى(ره) و امام خمينى(ره) شركت كرد. تلاش علمى ايشان در آن سالها باعث شد تا بتواند از حضرت امام خمينى(ره) اجازهنامه ی اجتهاد دريافت كند. وى در طول آن سالها از طریق شهریه، منبر و شرکت در جلسات وعظ و خطابه معاش خود را گذرانده است.
ایشان در قم با یکی از بستگان و فامیل پدری وصلت نموده که حاصل آن چهار پسر و یک دختر میباشد. دو نفر از فرزندان او از طلاب فاضل و قاضی هستند. وضعيت خانوادگى، به ويژه علاقهمندى پدر به تحصيلات حوزوى، استادان بزرگوار حوزه و صبر و بردبارى همسر و فرزندان خود را از عوامل مهم رشد علمى و فرهنگى خود مىداند.
استادان و دوستان: دوران تحصيل آيت الله يزدى، سرشار از تحصيل در محضر عالمان بزرگ بوده است. از استادان وى، هنگام تحصيل در اصفهان، مىتوان از آقايان شيخ حسن نجف آبادى، فقيه، سيد محمدعلى ابطحى نام برد كه بخشى از كتب دوره سطح را در خدمتشان فرا گرفت. با ورود به قم به دروس مرحوم آيت الله لاكانى، مرحوم حاج آقا حسين بُدلا و مرحوم زاهدى رفت و رسائل، مكاسب و كفايةالاصول را در محضر آيت الله حاج شيخ مرتضى حائرى، آيت الله مرعشى و آيت الله سلطانى فرا گرفت و در درس تفسير علامه طباطبايى نيز حاضر شد.
وى در درس خارج علماى بزرگى همچون آيت الله بروجردى(ره)، آيت الله اراكى، آيت الله شيخ محمدتقى آملى، آيت الله شاهرودى و نيز يك دوره كامل در درس خارج امام خمينى(ره) شركت كرد. آيت الله يزدى، ويژگى درس امام(ره) را چنين برمىشمرد: «حضرت امام(ره) قبل و بعد از شروع سال تحصيلى به نصيحت طلاب مىپرداختند و در اكثر مواقع هم به ياد دارم كه شاگردان تحت تأثير نفوذ كلام حضرت امام(ره) به گريه مى افتادند. عجيب اينجا بود كه مسائل مطروحه از سوى امام گاه از اهميت چندانى برخوردار نبود، ولى بحث و بيان امام به گونه اى بود كه همه را به گريه مى انداخت. «همچنين درباره همراه بودن درس امام(ره) با بينش سياسى مىگويد: «ايشان در مسائل سياسى و آموزش آن، در كنار دروس رسمى حوزه شيوه هاى عجيبى داشتند. براى مثال عرض مىكنم كه يك بار در كلاس درس اصول، از اين شيوه استفاده كردند. در اصول فقه، بحثى وجود دارد تحت اين عنوان كه امر و نهى در صورتى معنا دارد كه مخاطب آن قابليت تأثير پذيرى و انبعاث داشته باشد. اكثر اساتيد وقتى به اين مبحث مى رسند، در مقام مثال زدن مىگويند: به ديوار و سنگ نمىتوان گفت چنين كن! اما حضرت امام مى فرمودند: به خروشچف نمى شود امر كرد كه نماز بخوان! خود به خود براى ما كه شاگرد ايشان بوديم، اين سؤال پيش مى آمد كه خروشچف ديگر چيست يا كيست؟ بعد که رفتيم دنبال پاسخ به اين سؤال، مطالب فراوانی از مسائل اجتماعی آموختیم و همين امر بينش سياسى ما را افزايش مى داد و به گسترش افق ديد ما كمك مى كرد.
از دوستان و معاشران آيت الله يزدى در ايام تحصيل در اصفهان مى توان از آقايان: فقيه ايمانى، مدنى، اخوان «ابطحى»، سيد محمدعلى مجلسى و سيد محمدباقر مجلسى نام برد. همچنين وى در نخستين سالهاى طلبگى با آيت الله سيد محمد حسين بهشتى آشنا شد و نظم آن شهيد سعيد را شايان ستايش مىداند. از دوستان ايشان در زمان تحصيل در قم نيز مىتوان از آقايان محمدى گيلانى، شيخ حسين مظاهرى، شيخ محمدتقى مصباح يزدى، سيد على اكبر موسوى يزدى و حاج شيخ مرتضى تهرانى(انصارى) نام برد.
فعاليتهاى علمى و فرهنگى: زندگى آيت الله يزدى، همواره با تلاشها و دغدغه هاى علمى و فرهنگى همراه بوده است. بخشى از اين تلاشها در قالب سخنرانيها و تدريسها تبلور يافته است كه اغلب، اساسى ترين مباحث اسلام و تشيع در آن مورد مداقه قرار گرفته است و تا هم اكنون نيز ادامه دارد. بخش ديگر آن نيز در قالب مقالات و كتب مفيدى است كه جوانان و طالبان علم را از معارف والاى مكتب تشيع بهره مند مى سازد. ايشان نخستين مقاله هاى خود را در نشريه «حكمت» به چاپ رساند. از جمله كتب ايشان كه در زمان طاغوت به چاپ رسيد، كتاب «گمشده شما» بود كه چاپ آن باعث شد فردى به نام «مردوخ» به بهانه آن تهمتهاى ناروايى را به ساحت تشيع ابراز دارد. اين مسأله باعث شد كه آيت الله يزدى تهمتهاى او را در كتابى با عنوان «پاسخ تهمتهاى مردوخ» پاسخ دهد كه هر دو كتاب «گمشده شما و پاسخ به تهمت هاى مردوخ مورد عنايت زعيم عاليقدر شيعه، حضرت امام خمينى(ره) قرار گرفت.آيت الله يزدى در طول دوران مبارزه بر ضد رژيم شاهنشاهى، حتى در زمان تبعيد، دست از نگاشتن در جهت تبيين معارف اسلامى برنداشت و تاكنون، كتابها و مقالات بسيارى را به چاپ رسانده اند كه به برخى از آنها اشاره مىكنيم:
کتابهای عربی:
اُسَسُ الايمان فى القرآن
نبذٌ من المعارف الاسلاميه
الولادة الاصطناعيّه للانسان
حكم التماثيل؛
من الذى بيده سهم الامام؟
رسالة فى القسامة. مسائل چهارگانه فوق به ضميمه چند مسأله ديگر در يك مجلد با عنوان تسع رسائل فقهیه به چاپ رسيده است؛
فقه القرآن (4 جلد)؛ اين اثر در دوران زندان و تبعيد جمع آورى گرديد كه پس از انقلاب تنظيم و چاپ شد. هم اينك نيز به عنوان محور بحث ايشان در جلسه درس مورد بررسى و تبادل نظر قرار مىگيرد. تاكنون دو جلد از اين مجموعه كه در برگيرنده روايات و فتاوى است چاپ و نشر گرديده است٠ همچنين ايشان تقريرات درس آيت الله بروجردى، امام خمينى و آيت الله اراكى را نيز نوشته اند.
قبسات من سورتی الحمد و القدر
الامامة و الولایه فی القرآن (تالیف گروهی)
رسائل فقهیه
کتاب القضاء فی شرح العروة الوثقی (2 جلد)
ثلاث رسائل فقهیه
اُسس العقیدة فی الاسلام
آداب القضاء و احکامه
سلسلة بحوث اسلامیه فی الحقوق
دارالاسلام و دار الحرب
المسائل الثقافیه
کتابهای فارسی
ترجمه قرآن کریم
مجموعه مقالات انسان شناسى در مجله حكمت
بشر و خداشناسى
گمشده شما
پاسخ تهمتهاى مردوخ
حسين بن على را بهتر بشناسيم
شرح قانون اساسى
مجموعه مقالات در قانون اساسى در مجله نور علم
تفسير سوره حمد
روان شناسی اسلامی
اسلام همگام با زمان
سیری در تاریخ حدیث
علی(ع) بر منبر وعظ
سازندگی محیط
انسان و خداشناسی
پایههای ایدئولوژی در اسلام
مسایل فقهی جدید
دنیا در نظر علی(ع)چند نکته
ولایت فقیه
گفتارهای اخلاقی
چهل حدیث