در ۲۰ فروردین ۱۳۰۸ در تبریز و در خانواده‌اي با تقوا و با فضيلت ديده به جهان گشود. پدر بزرگوار ايشان، زاهد وارسته آيت‌الله حاج شيخ محمد حسين سبحاني خياباني يكي از عالمان و فقيهان تبريز بود كه بيش از 50 سال به تدريس، تأليف، راهنمايي مردم و تربيت شاگردان اشتغال داشت.

ايشان پس از فرافت از تحصيلات ابتدايي، در مكتب خانة ميرزا محمود فاضل فرزند فاضل مراغي، از شاگردان شيخ اعظم انصاري به فراگيري متون ادب فارسي و كتابهايي چون گلستان، بوستان، تاريخ معجم، نصاب الصبيان، ابواب الجنان و ... پرداخت. سپس در 14ساگلي رهسپار مدرسة علمية طالبيه شد و پنج سال به آموختن مقدمات علوم و سطوح پرداخت. علوم ادبي را نزد مرحومان حاج شيخ حسن نحوي و شيخ علي اكبر نحوي، و بخشي از مطول، منطق، منظومه و شرح لمعه را در محضر علامة بزرگوار ميرزا محمد علي مدرس خياباني، صاحب ريحانة الادب (متوفي به سال 1373قمري) آموخت. وي در آن زمان سخت مشغول آموختن و آموزش دادن دروس مقدماتي و مباحثه و تأليف بود و با اينكه جواني 17ساله بود، از خود دو كتاب به يادگار گذاشت:

1.معيار الفكر (در منطق)

2. مهذب البلاغه (در دانش معاني، بيان و بديع).

در مهرماه 1325 وارد حوزة علمية قم شد و به تكميل سطوح همت گماشت باقي‌ماندة فوائد الاصول را نزد مرحوم آيت‌الله حاج ميرزا محمد مجاهدي تبريزي (1327-1379 قمري) و آيت الله حاج ميرزا احمد كافي (1318-1412 مقري) فراگرفت و كفاية الاصول را هم نزد مرحوم آيت‌الله العظمي گلپايگاني (متوفي به سال 1414قمري) آموخت.

آيت‌الله جفر سبحاني از زمان تحصيل در تبريز (1363قمري/ 1323 شمسي) به تدريس مقدمات پرداخت و در 18سالگي پس از عزيمت به حوزة علمية قم تدريس را آغاز كرد و پس از مدتي به تدريس سطوح پرداخت. ايشان نزديك به هفت سال مطول، چند دوره معالم و لمعتين، هفت دوره رسائل (در 21 سالگي) و چند دوره مكاسب و كفايه و پنج مرتبه شرح منظومه را تدريس كرد. از سال 1394 قمري (1354 شمسي) بر اثر اصرار فضلا و طلاب علاقه‌مند حوزه، درس خارج فقه و اصول خود را تشكيل داد كه هم ‌اكنون نيز ادامه دارد و درس خارج اصول ايشان يكي از حلقه‌هاي ارزشمندي به شمار مي‌رود كه هر روز بيش از  600 نفر در آن شركت مي‌كنند.

همچنين آيت‌الله سبحاني در طول بيش از 20 سال تدريس منظم خارج فقه، تا كنون مباحث مختلفي را تدريس كرده است.

برخي از فعاليت‌هاي آيت‌الله سبحاني عبارتند از:

 1. شركت در تأسيس مجلة مكتب اسلام

 2. تفسير موضوعي قرآن

 3. نگارش تفاسير تربيتي و موضوعي منشور جاويد

 4. تأسيس مؤسسة علمي و تحقيقاتي امام صادق (ع)

اساس و شيوه‌اي كه در كتاب منشور جاويد مورد نظر مؤلف قرار گرفته، به بيان خود ايشان بر دو اصل استوار شده است:

1. تفسير قرآن به قرآن، نه به آرا و نظريه هاي كساني كه سخن و گفتار آنان سند نيست...

2. تفسير قرآن به شكل موضوعي، نه به صورت آيه به آيه و يا سوره به سوره. در تشريح اين روش آورده‌اند كه: براي آگاهي از نظر نهايي و جامع الاطراف قرآن پيرامون يك موضوع، لازم است آيات مربوط به يك موضوع را از سوره‌هاي مختف قرآن گردآورده، همه را يك‌جا مورد بحث و بررسي قرار دهيم.