اکبر ثقفیان در سال 1345 در شهر زنجان دیده به جهان گشود. اندکي پس از تولد، به همراه خانواده به تهران منتقل شده، اوايل تحصيلات ابتدائي را در تهران گذراند. سپس به زنجان بازگشت و تا اخذ ديپلم در آن شهر اقامه گزيد. علوم مقدماتي شامل صرف و نحو را در حوزه علميه زنجان، همزمان با تحصيلات دبيرستان آغاز نمود و در کنار آن در کلاسهاي تفسيري اساتيد مبرز حوزه علميه زنجان نيز حاضر ميشد. اين سالها با شروع نهضت اسلامي مردم ايران به رهبري امام خميني رحمة الله عليه مصادف بود.
در سال 1363 براي ادامه تحصيل راهي شهر مقدس قم شد. دوره سطح را تا سال 1371 نزد مدرسان مشهور همچون آيت الله اعتمادي و مرحوم آيت الله پاياني، به پايان رساند. علاقه و اشتياق به معارف و حکمت اسلامي سبب شد که در ضمن دوره سطح به فراگيري آنها نيز همت گمارد. پس از دروس تکميلي منطق، مقدمات فلسفه را نزد اساتيدي همچون آيت الله گرامي، دروس هيئت و نجوم را نزد آيت الله حسن زاده آملي و همچنين درس تفسير را نزد آيت الله جوادي آملي فرا گرفت. دروس خارج فقه اصول را با حضور در درس خارج کتاب الطهارة حضرت آيت الله تبريزي و خارج اصول حضرت آيت الله العظمي وحيد خراساني آغاز کرد و موفق شد تا پايان کتاب الطهارة و اندکي از کتاب الصلوة و بحث امارات خارج اصول را درک کند. دروس خارج کتاب الاجارة، کتاب الغصب، کتاب الحدود و الديات و کتاب الصوم را نيز نزد برخي اساتيد فرا گرفت. اشتغال به فلسفه و عرفان و همچنين تفسير ادامه يافت و مجلدات نخست اسفار را نزد آيت الله حسن زاده آملي و آيت الله جوادي آملي فرا گرفت و در درس تفسير معظم له نيز شرکت ميجست.
در ضمن حضور در اين دروس، به مباحث قرآني نيز پرداخت و چندين مقاله درباره قرآن و علوم و معارف آن به نگارش درآورد. تحقيق و پژوهش در اين زمينه منجر به آن شد که با فضاي موجود پژوهشي آشنا شود و زمينههاي خالي آن را به خوبي درک نمايد.
از اوايل سال 1372، به يادگيري علوم کامپيوتري پرداخت و اين امر موجب گرديد کم کم به فضاي انفورماتيک تمايل بيشتري نشان دهد. همکاري با مرکز تحقيقات کامپيوتري علوم اسلامي در سال 1372، در ملموستر کردن اين فضا، نقش به سزائي داشت. تأسيس بخش قرآن در اين مرکز اولين گام اجرائي بود که با طراحي برنامه ها و نرم افزارهاي قرآني، برکات فراواني را به دنبال داشت. با طراحي و مديريت برنامه نور الانوار 2 (در زمينه قرآن) و نرم افزار نور الجنان ( در زمينه ادعيه و زيارات) در سالهاي 1379-1375 مرکز تحقيقات کامپيوتري علوم اسلامي به افتخارات فراواني همچون مقام خادم برگزيده قرآن، رتبه سوم تحقيقات کاربردي جشنواره خوارزمي و نرم افزار برتر چندين نمايشگاه و جشنواره، نايل گردد. همچنين طراحي برنامههاي مشکوة الانوار (در زمينه علوم قرآني)، طرح ترجمان نور (در زمينه ترجمه فارسي قرآن کريم)، فرهنگستان قرآن (فرهنگ موضوعي قرآن کريم) و تهيه نرم افزارهاي موضوعي براي تفسير التبيان و تفسير الميزان، از ديگر دستاوردهاي اين دوران به شمار ميرود.
استاد اکبر ثقفيان در سال 1382 با تصدي مديريت تحقيقات مرکز و ماشرکت در امر توليد نرم افزار موسوعه علوي (درباره نهج البلاغه و حضرت اميرالمؤمنين عليهالسلام) خود به افتخار قرار گرفتن در زمرة خادمان برگزيده قرآن کريم نايل شد.